外周血DNA和hTERT在肺癌诊断中的应用
发表时间:2010-04-20 浏览次数:533次
作者:王京,吕可洁,朱广昌 作者单位:北京,首都医科大学附属北京友谊医院胸外科
【摘要】 目的 检测肺癌患者血清DNA含量及hTERT的表达水平,寻求微创、高敏感性及特异性的检测方法,为肺癌早期诊断提供新指标。 方法 41例病理证实肺癌患者,22例正常人设为对照组。磁珠悬浮法提取测定血清DNA含量;巢式PCR法扩增血清hTERT片段,测定灰度比。 结果 肺癌患者、正常人血清DNA含量均数分别为33.464和18.420,肺癌组血清DNA浓度显著高于正常对照组(P<0.01)。巢式PCR法扩增血清hTERT片段,测定灰度比作为诊断分界点,绘制ROC曲线,AZ=0.852,AZ的95%置信区间为CI(0.750,0.953,P=0.000),因此可以认为血清hTERT对于肺癌的诊断具有中等准确性。诊断分界点=0.4时,其Kappa=0.477,(P<0.01),有统计学意义,其与病理诊断的一致性较好。结论 外周血DNA和hTERT在肺癌诊断中具有较好的敏感性和特异性,可能成为肺癌早期诊断的新检测手段。
【关键词】 肺癌;DNA;hTERT;基因诊断
Application of Serum DNA and hTERT in Diagnose of Lung Cancer
WANG Jing, LV Kejie,ZHU Guangchang
Department of Throcic Surgery, Beijing Friendship Hospital Affiliated of the Capital University of Medicine Sciences,Beijing 100050,ChinaAbstract:Objective This study designed to assess a quantitative molecular assay of serum DNA and the expression of hTERT in patients with lung cancers to explore a novel noninvasive approach,elevating the sensitivity and specificity in diagnose of lung cancer. We conducted the clinical study to provide a new marker for earlier lung cancer detection. Methods Fortyone informed patients with lung cancers and 22 healthy persons were included as control. DNA was extracted from serum samples with MaGaZorb DNA MiniPrep Kit and quantificated , then hTERT sequences was amplified by nested PCR using gene primers. Results Mean concentration of serum DNA between patients with lung cancers and healthy persons was 33.464μg/ml and 18.420μg/ml respectively. Concentration of free circulation DNA in patients with lung cancers was higher than the other group (P<0.01). The area under the ROC curve by ratio of gray scale was 0.852 (95% CI, 0.750 to 0.953). Amplification of serum hTERT by nested PCR was a approach with moderate veracity to detect lung cancers. Meanwhile, it had a good coherence with pathology (Kappa=0.477,P<0.01). Conclusion The level of free circulating DNA in patients with lung cancers was higher than healthy persons. Amplification of serum hTERT by nested PCR was a approach with high sensitivity. So it may be a new, noninvasive approach for early detection of lung cancers.
Key words:Lung cancer;DNA;hTERT;Gene diagnosis
研究表明恶性肿瘤患者循环血中DNA水平不仅远远高于正常人,而且还具有肿瘤特征性的DNA改变,并和肿瘤组织中表达的同一基因一致[1]。端粒酶在永生化细胞系及恶性肿瘤衍生的细胞株中表达均为阳性,在正常细胞中不表达[2]。通过对肺癌患者外周血DNA的提取分析,巢式PCR法扩增血清hTERT(人类端粒酶逆转录酶),研究其表达水平,将为肺癌的早期诊断提供重要线索,并将可能为肺癌的治疗、术后监测及预后的判断提供重要依据。为此,我们检测了肺癌患者外周血DNA水平及hTERT浓度,以探讨外周血DNA及hTERT浓度检测对肺癌的诊断价值。
1 资料与方法
1.1 研究对象
选择胸外科2005年经细胞学或病理学检查证实首次治疗的肺癌患者41例;其中腺癌19例,鳞癌15例,鳞腺癌2例,小细胞癌3例,大细胞癌2例;男性17例,女性24例;年龄18~75岁,平均年龄59岁;按世界卫生组织(WHO)肿瘤分期标准:Ⅰ期14例、Ⅱ期18例、Ⅲa期9例。并随机选择健康体检者22例进行对照。所有对象外周血白细胞、肝肾功能正常,无慢性肝炎和自身免疫系统疾病。
1.2 方法
1.2.1 实验试剂 (1)琼脂糖、TaqDNA聚合酶;(2)试剂盒:磁珠纯化DNA试剂盒(BSCOSS2),北京佰亿新创科技有限公司;TaqPCR试剂盒(KT10101),北京天为时代公司;DNA Marker1(MD10101),北京天为时代公司;PCR引物,北京赛百盛基因技术有限公司;(3)PCR引物设计与合成:hTERT碱基序列定位于5p15.33,外重引物343bp(2 647~2 989),内重引物326bp(2 662~2 989,GenBank assession number AF015950),应用Primer3分析软件进行设计,北京赛百盛基因技术有限公司。
hTERTup(P1): 5′GCGTTTGGTGGATGATTTCT3′
hTERTdown(P2): 5′CAAGACCCCAAAGAGTTTGC3′
hTERTup(P3): 5′TTTCTTGTTGGTGACACCTC3′
hTERTdown(P4): 5′CAAGACCCCAAAGAGTTTGC3′
1.2.2 主要设备 DNA Thermal Cycler,美国Perkin Elmer Cetus公司;紫外凝胶成像仪Chemi Doc,意大利BioRAD;紫外可见分光光度计Ultrospec3100,英国Biochrom Ltd;台式低温离心机,上海安亭科学仪器厂;低温冰箱ULT13863V30,美国REVCO公司;电泳仪EPS300,上海天能科技有限公司。
1.2.3 实验方法 (1)血清DNA的提取及浓度测定。抽取实验对象3ml血标本置入红管离心处理(如不能及时处理,可存放4℃冰箱不超过6小时)——取离心后上层血清置入1.5ml离心管,-80℃保存;血清标本、MagaZorb DNA MiniPrep Kit 试剂室温化,取12μl PK(蛋白酶)置入1.5ml微量离心管,取120μl血清移至上管,并移入120μl Lysis Buffer,混匀15秒,56℃温浴10min;加300μl Binding Buffer 至上管,加入12μl混匀的MagaZorb试剂,充分混匀,室温温浴10min,将微量离心管放于磁力架上,吸附已结合DNA的磁珠,弃上清液备用;加600μl Wash Buffer 至上述微量离心管充分混匀后放于磁力架上,吸附磁珠,弃上清液,重复洗涤1次;加20μl Elution Buffer 至上述微量离心管充分混匀10min后放于磁力架上,吸附磁珠,仔细将上清液移入干净微量离心管,-20℃保存备用;2.5μl DNA 产物溶于500μl 去离子水中,稀释200倍,取90μl去离子水入比色皿作为对照,放入紫外可见光分光光度计比色架进行标准化;擦净比色皿,移入90μl稀释后的DNA产物,测定浓度并记录数值。每个样本测定3次,取中间值,DNA浓度(μg/ml)=测定DNA浓度/6;(2)巢式PCR扩增hTERT。第一次扩增,PCR扩增体系(25μl):10×Reaction Buffer2.5μl;dNTP Mixture(2.5mmol/l each)2μl;Taq(2.5u/μl)0.35μl;GAPDHup(10μmol/l)1μl;GAPDHdown(10μmol/l)1μl;DNA产物2μl;ddH2O16.15μl
反应体系加石蜡油20μl。
反应条件:94℃预变性3min;94℃变性30s;52℃退火1min;72℃延伸1min;20个循环后72℃延伸10min
第一次扩增产物稀释100倍,取4μl用于第二次扩增。
第二次扩增,PCR扩增体系(25μl):10×Reaction Buffer 2.5μl;dNTP Mixture(2.5mmol/l each)2μl;Taq(2.5u/μl) 0.3μl;GAPDHup(10μmol/l)1μl;GAPDHdown(10μmol/l)1μl;第一次扩增产物(1%)4μl;ddH2O14.2μl
反应体系加石蜡油20μl。反应条件:预变性、94℃、3min;变性、94℃、30s;退火、52℃、1min;延伸、72℃、1min;26个循环后72℃延伸10min
反应结束,取7μl PCR产物在1.25%的琼脂糖凝胶(含0.5%溴化乙啶)电泳,紫外灯观察,紫外凝胶成像仪扫描成像。每次均设阳性及阴性对照。成像照片应用图像分析处理系统进行灰度扫描,分析测定面积的积分光密度值。
1.3 统计学方法
结果经SPSS11.5统计分析软件进行分析处理,计量资料采用均数±标准差描述,单因素方差分析;计数资料采用构成比描述,卡方检验。建立ROC曲线(受试者工作特征曲线),计算曲线下面积,两者一致性比较采用Kappa检验方法,P<0.01差异有统计学意义,0.010.05差异无统计学意义。
2 结果
2.1 DNA含量测定
实验提取63例血清标本DNA(肺癌组41例,正常对照组22例),紫外可见分光光度计测定浓度:肺癌组均数为33.463 7μg/ml,标准差为9.45118,95%CI(30.48,36.45)μg/ml,双侧检验P=0.333>0.05,本组数据近似正态分布。正常对照组均数为18.4200μg/ml,标准差为5.56294,95%CI(14.44,22.40)μg/ml,双侧检验P=0.999,本组数据近似正态分布。
两组数据经SPSS11.5统计分析软件进行单因素方差分析P<0.01,差异有统计学意义,由此可以认为肺癌组血清DNA含量显著高于正常对照组。
2.2 血清hTERT表达检测
首先通过管家基因GAPDH验证DNA质量,使用双重引物P1P2、P3P4 通过巢式PCR扩增hTERT,1.25%琼脂糖电泳后照相。实验中用提取肺癌组织DNA作阳性对照,ddH2O作阴性对照,对63例研究对象的血清DNA扩增后照片中条带进行灰度测定,并与相应管家基因GAPDH扩增得到的条带灰度值相比,得到hTERT灰度比值,见表1。表1 hTERT扩增后灰度比测定结果拆分为2×2表格,计算出FPR值(假阳性率)和TPR值(真阳性率—敏感度)构成一对,即为ROC工作点,见表2。表2 hTERT的ROC工作点 ROC曲线下面积AZ=0.852,AZ的95%置信区间为CI(0.750,0.953,P=0.000),因此可以认为血清hTERT对于肺癌的诊断具有中等准确性。进一步取不同的灰度比值作为分界点,对其诊断敏感性、特异性进行分析,并计算其Kappa值。当诊断分界点为0.2时Se=82.93%,Sp=68.18%,Kappa=0.456;当诊断分界点为0.4时Se=75.61%,Sp=86.36%,Kappa=0.477;当诊断分界点为0.6时Se=65.85%,Sp=95.45%,Kappa=0.416;当诊断分界点为0.8时Se=56.10%,Sp=100%, Kappa=0.367
由上分析可见,诊断分界点=0.4时,其Kappa=0.477,敏感性Se=75.61%,特异性Sp=86.36%,阳性预测值PV+=31/33=93.94%,阴性预测值PV-=10/29=34.48%;敏感性、特异性较好,Kappa高于其他诊断分界点,当Kappa=0.477时P<0.01,差异有统计学意义,其与诊断金标准——病理诊断的一致性较好。所以利用巢式PCR扩增血清hTERT对肺癌有诊断价值。
3 讨论
在当今的医疗条件下,如何能够早期发现恶性肿瘤是提高其疗效的关键。理想的检测方法应该是取材无创或微创、方法简便能适应群体筛查、结果敏感特异性强。因此,外周血肿瘤相关指标的检测及研究成为热门。目前在肺癌检测中已广泛应用于临床的有CEA(癌胚抗原)、CYFRA211(细胞角蛋白片段)、NSE(神经原烯醇化酶)[3]。但是除NSE在小细胞肺癌的敏感度达到60%~80%外[4],其余敏感度均在50%以下[5]。本实验得出:肺癌患者血清DNA浓度显著高于正常人群;肺癌患者血清hTERT显著高于正常人群,诊断分界点=0.4时,其与诊断金标准——病理诊断的一致性较好。外周血DNA和hTERT在肺癌诊断中具有临床应用价值,为肺癌的早期诊断及筛查提供了新的手段,其检测技术成熟,方法简单,易于掌握;受检者痛苦小,费用低,易于接受,且可批量检测用于群体筛查;与病理诊断具有较好的一致性。因此,该项指标具有较好的应用前景,值得进一步研究推广。
【参考文献】
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