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《神经内科》

老年性痴呆相关基因nicastrin启动子区单核苷酸多态性分析

发表时间:2009-06-26  浏览次数:814次

作者:李中, 丘东海, 刘红英, 方莹莹   

作者单位:中山大学附属第一医院神经科, 广东 广州 510080

【摘要】  【目的】 分析老年性痴呆(Alzheimer病)相关基因nicastrin启动子区单核苷酸多态性(SNP),探讨其基因表达可能的分子调控机制。【方法】 扩增nicastrin基因ATG上游约1.0 kp启动子区DNA片段,与萤火虫荧光素酶报告基因载体pGL3-Basic进行重组质粒的克隆与鉴定,确立启动子区候选功能SNP及其相应位点结合的转录调节因子。应用Lipofectamine 2000对包含功能SNP的重组质粒进行CRL-2137细胞瞬时转染,双荧光素酶相对活性分析及电泳迁移率变动分析。【结果】 Nicastrin基因启动子区960 bp DNA片段内存在功能SNP_rs10752637 -922 G→T,与其相应位点结合的转录因子为hepatic leukemia factor(HLF),SNP_rs10752637 -922 T的序列结构对启动萤火虫荧光素酶报告基因的表达功能较SNP_rs10752637 -922 G的序列结构强(P < 0.05, n=3)。 【结论】 Nicastrin基因核心启动子应该在960 bp DNA片段内,SNP_rs10752637 -922 G→T可能是启动子区有功能位点突变,包含rs10752637 -922 G/T的核苷酸序列结构可能通过与HLF在内的转录调节因子的作用来实现对nicastrin基因表达差异的调控。

【关键词】  Alzheimer病;Nicastrin;启动子;单核苷酸多态性;电泳迁移率变动分析

    Single Nucleotide Polymorphism in Promoter of Nicastrin Gene Related

    with Alzheimer’s Disease

    LI Zhong, QIU Dong-hai, LIU Hong-ying, FANG Ying-ying

    ( Department of Neurology, The First Affiliated Hospital, SUN Yat-sen University, Guangzhou 510080, China )

    Abstract: 【Objective】 To analyze the single nucleotide polymorphism (SNP) in promoter of nicastrin gene related with Alzheimer’s disease (AD) and investigate the potential molecule mechanism of genetic expression and regulation. 【Methods】 An about 1.0 kb fragment upstream to the start codon ATG of nicastrin gene was firstly isolated from human genomic DNA by PCR. The recombinant plasmid of the fragment and the promoterless pGL3-Basic firefly luciferase reporter vector were cloned and identified. Putative function SNP candidate and its corresponding transcription factor binding site (TFBS) in promoter region were definited. The recombinant plasmid containing the SNP was transfected transiently in CRL-2137 cell line used by Lipofectamine 2000. Relative luciferase activity (RLA) was measured and electrophoretic mobility shift assay (EMSA) was analyzed.  【Results】 There were function SNP_rs10752637 -922 G→T in 960 bp fragment of the promoter region, and its corresponding TFBS was hepatic leukemia factor (HLF). The expression level of the promoter containing SNP_rs10752637 -922 T was higher than that of SNP_rs10752637 -922 G (P < 0.05,n=3). 【Conclusion】 It indicated that the core promoter of nicastrin gene should be within 960 bp fragment. The rs10752637 -922 G to T might be the functional point mutation for nicastrin gene promoter, and the ribonucleotide sequence comprising rs10752637 -922 G/T might carry out gene expression and regulation in promoter region by way of interacting with some transcription factor including HLF.

  Key words: Alzheimer’s disease; nicastrin; promoter; single nucleotide polymorphism; electrophoretic mobility shift assay

    老年性痴呆又称Alzheimer病(Alzheimer’s disease, AD),是一种以进行性记忆力减退、认知功能障碍为特征的中枢神经系统退行性变性疾病。随着社会经济的发展,人类寿命普遍延长,AD发病率呈逐年上升趋势,但是,AD 的病因学和发病机制至今尚不明了,亦无有效治疗方法。研究发现,β淀粉样蛋白(beta-Amyloid protein, Aβ)沉积(老年斑形成)是AD脑神经细胞主要变性区域的核心病理特征之一,并能导致其他病理结构的出现[1,2]。Aβ来源于脑内γ分泌酶(gamma-secretase)对Ⅰ型跨膜蛋白APP(beta-Amyloid protein precursor)跨膜区的切割。γ分泌酶是一种大分子质量多蛋白复合体, 由Presenilin-1、 Nicastrin、 APH-1和PEN-2四种蛋白组成,缺一不可,相互起着稳定因子的作用,其中任一种蛋白表达水平的变化将直接影响其他蛋白的稳定性、水解成熟、糖基化或向细胞表面的运输,进而影响γ分泌酶的活性,产生难以消除的不可溶性片断,导致Aβ脑内沉积[3-6]。本文将从AD相关基因nicastrin启动子区研究入手,分析研究nicastrin基因启动子区单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)及其转录因子结合位点(transcription factor binding site, TFBS)情况,探讨nicastrin基因启动子区表达调控的分子机制,期望能为阐明该基因表达调控与γ分泌酶功能以及AD发病相关性提供新的线索和实验依据,为进一步揭示AD发病机制和为临床寻找防治AD新的药物及其他干预治疗手段打下基础。

    1   材料和方法

    1.1  材  料

    大肠杆菌感受态细胞和CRL-2137细胞株(来源于人脑神经母细胞)为本室保存。pGL3-Basic和pGL3-Control萤火虫荧光素酶报告基因载体、phL-Renilla水母荧光素酶载体及双荧光素酶活性分析试剂盒均为Promega公司产品;PCR反应、产物纯化以及质粒提取试剂盒均为QIAGEN公司产品;限制性内切酶KpnⅠ、HindⅢ及T4 DNA连接酶为Biolabs公司产品;DMEM、Opti-MEMI细胞培养液和胎牛血清、合成引物及探针、脂质体Lipofectamine 2000均为Invitrogen公司产品;细胞核蛋白抽提及电泳迁移率变动分析(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)试剂盒为Novagen公司产品,同位素[γ-32P]ATP为Amersham Biosciences公司产品。

    1.2  Nicastrin基因启动子的克隆与鉴定

    登陆GenBank查询人类nicastrin基因组序列,通过美国国立生物技术信息网NCBI确定基因组DNA 翻译起始点ATG位置并结合文献确定nicastrin转录本大小及大致定位其启动子位置。结合pGL3-Basic报告基因载体多克隆酶切位点分析设计引物,Hotstar DNA 多聚酶扩增其ATG上游约1.0 kp的DNA片段并纯化,此扩增片段经凝胶电泳观察并测序验证。参照《分子克隆(第3版)》[7]相关技术指南, pGL3-Basic与上述DNA扩增片段进行酶切、DNA连接、感受态细胞转化、回收阳性克隆重组质粒并双酶切琼脂糖凝胶电泳鉴定及测序验证。

 1.3  Nicastrin启动子区功能SNP的选择及其TFBS的确立

    针对上述启动子片段序列,登陆www.snpper.chip.org和www.pupasnp.org 进行比对,推断nicastrin基因启动子区的候选功能SNP并运用www.gene-regulation.com的MatchTM和www.genomatix.de/matinspector.html的MatInspector 2.0数据库及程式,匹配出与候选功能SNP相应位点结合的最可能的转录调节因子。

    1.4  瞬时转染及双荧光素酶活性分析

    CRL-2137细胞在含100 mL/L胎牛血清的高糖DMEM培养液及37 ℃、体积分数5% CO2和适合湿度的条件下传代培养。按产品说明书技术指南进行24孔板脂质体Lipofectamine 2000的瞬时转染。转染体系如下:每孔细胞数5 × 104,脂质体与质粒DNA质量比为2 ∶ 1,待检及对照质粒与内对照phL-Renilla的质量比为100 ∶ 1,补充无抗生素及无血清Opti-MEMI培养液至总体积50 μL;每个质粒至少单独转染3次。

    转染30 ~ 36 h后收集细胞,参照Promega公司试剂盒操作手册在荧光检测仪上进行相对荧光素酶活性(relative luciferase activity,RLA)测定,每孔测2次求均值。机器对各孔细胞转染效率通过内对照活性进行自动校正,校正后的转染活性减去阴性对照值,再除以阳性对照值,最后得到各样品相对于阳性对照SV40启动子的相对活性。对此相对活性数据进行单样品t检验和单因素方差分析,并在此基础上进行均数间两两比较(α=0.05)。

    1.5  电泳迁移率变动分析

    设计合成包含nicastrin启动子区候选功能SNP及其相应转录调节因子结合位点TFBS在内的约20 bp大小的核苷酸序列作为探针,并在其5′-末端用同位素[γ-32P] ATP标记, ProbeQuantTM G-50过柱纯化后于-20 ℃保存备用。按核蛋白抽提试剂盒说明书抽提CRL-2137细胞核蛋白,并进行Bio-Rad蛋白质量检测。按以下程序进行DNA-蛋白结合反应:① 阴性对照反应(仅有标记探针);② 阳性反应(核蛋白+标记的已知探针);③ 探针冷竞争反应(核蛋白+标记探针+10倍标记探针量的同源未标记探针);④ 突变探针的冷竞争反应(核蛋白 + 标记探针 + 10倍标记探针量的未标记SNP突变探针);⑤ 突变探针的冷竞争反应(核蛋白+标记突变探针+10倍标记突变探针量的未标记探针)。反应样品于质量浓度6%聚丙烯酰胺凝胶电泳,干胶后X线片压片并进行放射自显影检测。

    2   结   果

    2.1  Nicastrin基因启动子重组质粒的克隆与鉴定

    根据载体多克隆酶切位点,确定KpnⅠ和HindⅢ两个酶切位点,运用OLIGO primer3程序设计上下游引物分别为5′-atggtaccGATCTCAGTATT TGCCCTCCA-3′ (forward)和5′-ataagcttGGAGCCT AAGAGACCGGAAG-3′ (reverse),Hotstar DNA 多聚酶扩增出960 bp大小的DNA片段,此扩增片段和阳性克隆重组质粒及其双酶切后经质量浓度1.2%琼脂糖凝胶电泳检测结果如图1,产物均经测序验证正确。

    2.2  RLA分析与EMSA

  经比对,推断出rs10752637 -922 G→T为nicastrin基因启动子区的候选功能SNP并匹配出与其相应位点结合的最可能的转录调节因子为hepatic leukemia factor(HLF, atttccagat, 下划线结构为TFBS)。采用带SV40启动子与增强子的pGL3-Control萤火虫荧光素酶报告基因载体作为阳性对照,未连接克隆片段的空pGL3-Basic作为阴性对照,phL-Renilla水母荧光素酶载体作为每个转染的内对照(用于校正背景值),由此构成双荧光素酶活性分析系统,其结果如图2(两两比较有统计学意义,P < 0.05,n=3),提示nicastrin启动子区包含SNP_rs10752637 -922 T的序列结构对启动萤火虫荧光素酶报告基因的表达功能较包含SNP_rs10752637 -922 G的序列结构要强。进一步的EMSA分析结果也显示SNP_rs10752637 -922 T的核苷酸序列结构能与核蛋白中的转录调节因子HLF 结合并成为凝胶电泳迁移时相对独立的泳动带(图3 Lane 4)。

    3   讨   论

    自2000年nicastrin基因被克隆伊始,就发现它可与其他3种蛋白相互作用形成γ分泌酶,并对AD脑的病理结构形成起重要作用[8,9]。Nicastrin属Ⅰ型跨膜糖蛋白,它可能作为γ分泌酶的底物结合位点参与酶与底物的选择性结合;因此,nicastrin 表达的差异对γ分泌酶的功能具有一定的调节作用[10,11]。

    Satoh等[12]研究发现,在人类神经元细胞系中nicastrin 对早老素功能起着关键的调节作用。Dermaut等[13]报道了荷兰人家族早发性AD与nicastrin基因内含子多态性相关。Li等[14]对nicastrin基因缺陷小鼠胚胎研究认为,nicastrin是γ分泌酶的重要组件,在介导Notch信号通路和哺乳动物细胞APP的加工与运输中不可缺少。Confaloni等[15]对意大利家族性和散发性AD病人nicastrin基因突变研究发现有相关性。

    γ分泌酶的功能不正常可以造成Aβ的脑内异常沉积,从而产生AD脑的病理结构变化;因此,作为γ分泌酶重要组件之一的nicastrin有可能与AD的发生发展有着密切的相关性。那么在分子水平上,nicastrin的表达调控如何?它的表达调控差异是否与AD发病有关?该问题的解答将为揭示AD的发病机制与创立AD新的治疗途径提供依据。

    本文通过生物信息学技术,推断出人nicastrin基因启动子区960 bp大小的DNA片段内存在候选功能SNP_rs10752637 -922 G→T及与其相应位点结合的最可能的转录因子HLF。在此基础上运用基因重组分子克隆与基因表达技术,发现了包含rs10752637 -922 T序列结构对启动萤火虫荧光素酶报告基因的表达功能较包含rs10752637 -922 G的相对要强;而且rs10752637 -922 T的核苷酸序列结构能与来源于人脑神经母细胞瘤的CRL-2137细胞系核蛋白中的转录调节因子HLF结合;提示nicastrin基因核心启动子应该在扩增的960 bp大小的DNA片段内,SNP_rs10752637 -922 G→T 可能是启动子区有功能位点突变,而包含rs10752637 -922 G/T的核苷酸序列结构可能通过与包括HLF在内的转录调节因子的作用来实现对nicastrin基因表达差异的调控。

    杨眉等[16]研究认为,nicastrin基因启动子很可能位于翻译起始位点上游-432/-133处,与本研究的位点不同。笔者认为,由于受质粒构建以及存在组织表达差异的影响,仅从启动子区截断片段对报告基因表达强度的差异而不验证其在转录水平与转录调控因子作用的大小,是不能真正说明其是否为有功能的启动子核心片段的。Orlacchio等[17]对nicastrin基因启动子区位于-796 T/G和   -1216 C/A两个SNPs的研究表明与家族性AD及其发病年龄均无相关性。笔者认为,nicastrin是AD发病关键因素γ分泌酶的重要组件之一,nicastrin基因启动子区单核苷酸多态性从一定程度上说明了AD发病多基因遗传的复杂性,提示我们今后的研究工作应多着眼于分子转录水平的功能表达以及蛋白的结构功能上,而不仅仅是研究基因的结构差异。

 (感谢香港大学医学院基因研究中心宋又强博士在分子克隆及生物信息学领域的技术支持与帮助)

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